| 項 目 | 設定依據 | 許可機關及許可方式 | 備注 |
| 汽車、摩托車整車和發動機生產、裝配、加工貿易 | 《國務院批轉國家計委等部門關于加強汽車工業項目管理意見的通知》 | 國家發改委或商務部 |
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| 報廢汽車回收 | 《報廢汽車回收管理辦法》 | 省級商務主管部門核發資格認定書 | 取消公安部門特行許可(見；國務院第一批取消行政審批項目第112項) |
| 車輛維修 | 參照《關于發布深圳市行政審批事項清理結果的決定》（深圳市人民政府令第134號）和《道路運輸條例》、《關于全國農村機械維修點管理辦法》 | ①機動車維修由市交通局批準；②農機維修由縣級農機管理部門確定機械維修等級 |
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| 從事道路客運、貨運經營、從事道路運輸站（場）經營 | 參照《關于發布深圳市行政審批事項清理結果的決定》（深圳市人民政府令第134號） | 交通局 |
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| 從事出租小汽車營運業務 | 參照《關于發布深圳市行政審批事項清理結果的決定》（深圳市人民政府令第134號） | 交通局 |
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| 設立水路運輸服務企業 | 參照《關于發布深圳市行政審批事項清理結果的決定》（深圳市人民政府令第134號） | 交通局 |
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| 從事港口經營 | 參照《關于發布深圳市行政審批事項清理結果的決定》（深圳市人民政府令第134號） | 交通局 |
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| 航空運輸 | 《民用航空法》 | ①
設立公共航空運輸企業由國務院民用航空主管部門核發公共航空運輸企業經營許可證；②從事經營性通用航空由國務院民用航空主管部門核發通用航空經營許可證；③民用航空運輸銷售代理由國務院民用航空主管部門核發空運銷售代理業務經營批準證書；④生產、維修民用航空器及其發動機、螺旋槳和民用航空器上設備由國務院民用航空主管部門審批 | 取消營業部的設立審批（見第一批第535）；民用航空運輸銷售代理審批保留一年(見第三批改變管理方式第27項 |
| 從事水路營業性運輸的單位變更經營范圍（跨市部分為初審） | 參照《關于發布深圳市行政審批事項清理結果的決定》（深圳市人民政府令第134號）、《水路運輸管理條例》第八條；交通部《水路運輸管理條例實施細則》第十七、十八條 | 交通局 |
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| 鐵路運輸企業設立、撤銷、變更審批 | 《國務院對確需保留的行政審批項目設定行政許可的決定》（國務院令第412號） | 鐵道部 |
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| 設立引航及驗船機構審批 | 《國務院對確需保留的行政審批項目設定行政許可的決定》（國務院令第412號） | 交通部 交通部 海事局 |
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| 國際海運 | 《國際海運條例》 | ①經營國際船舶運輸業務，由國務院交通主管部門核發國際船舶運輸經營許可證；②經營無船承運業務、國際船舶代理業務，由國務院交通主管部門登記；③經營國際船舶管理業務，由省級交通主管部門登記 |
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| 鐵路工業產品制造及鐵路計算機連鎖設備制造特許證核發 | 《國務院對確需保留的行政審批項目設定行政許可的決定》（國務院令第412號） | 鐵道部 |
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| 民用航空運輸憑證印刷企業資格認定 | 《國務院對確需保留的行政審批項目設定行政許可的決定》（國務院令第412號） | 民航總局 |
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